荘園公領制（しょうえんこうりょうせい）とは、日本の中世における、荘園と公領を土台とした、重層的土地支配構造のことである。歴史学者の網野善彦が提唱した。11世紀中後期から12世紀初期にかけて成立し、院政期を通じて発展し、鎌倉時代前後に最盛期を迎えた。その一方で、鎌倉時代には地頭による侵食を受け、室町時代には守護（守護大名）によって蚕食されるなど、武士の進出に伴って次第に解体への道を進み、戦国時代頃までにほぼ形骸化した。最終的には太閤検地で完全に消滅する
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平安時代中期以降、開発領主による墾田開発が盛んになる。彼らは国衙から田地の私有が認められたが、その権利は危ういものであった。そこで、彼らはその土地を荘園として受領層に寄進することとなる。受領層は彼ら大名田堵（＝開発領主）を荘官に任命し、その土地の実効支配権を認める代わりに、荘官から一定の税収を受け取る。こうして荘園を持つようになった受領層を領家と呼ぶ。領家は次第に、権限を剥奪された補佐官である任用や大名田堵との対立を増すようになる。そこで彼らは自らの荘園をさらに権門層に寄進し、保護を求める代わりに一定の税収を納めた。こうして荘園を集積した権門層を本家と呼ぶ。
時を同じくして、律令制の崩壊と共に、上級貴族は政治への意欲を全くなくし、地方政治は国司に一任されていた。増え続ける荘園に対抗して、国司は大名田堵を在庁官人に任命し、自らの手元に置き、さらには惣司・郷司・保司として、地方行政官とした。惣司・郷司・保司はそれぞれ一定額をそれぞれ国司、朝廷に納めればよい。その後、荘園の更なる増大で税収が減り、上級貴族に俸給を払えなくなった朝廷は、彼らに知行国として国を与え、その国に関する国司の任命権と税収を上級貴族に与えた。同様に皇族にも院宮分国制が敷かれ、こうして権門層たる上級貴族、受領層たる国司、大名田堵たる惣司・郷司・保司が結びつき、荘園制とほとんど変わらぬ構造となった。
なお、この重層的支配構造は「職（しき）の体系」とも呼ばれ、それぞれの立場の職務と権限を「?職」と呼んだ